“Coyhaique” significa “aldea entre aguas” y en sus inicios estuvo habitada por grupos indígenas que vivían de la caza y de la pesca: los chonos y los alacalufes.
A fines del siglo XIX se inició la colonización a través del arribo de varias compañías vinculadas a la madera. Su llegada le costó muchísimo a la naturaleza, ya que las empresas realizaron una tala abusiva en la zona y destruyeron millones de hectáreas de bosque.
Más tarde, el gobierno provincial fundó la ciudad el 12 de octubre de 1929 en un valle atractivo y fructífero compuesto por los ríos Simpson y Coyhaique y el cerro Divisadero, para incentivar y apoyar el trabajo de los colonos y de la Sociedad Industrial de Aysén que, desde 1906, tenía su central río arriba de Coyhaique.
El clima y la geografía de la zona fueron siempre muy aptas para la cría bovina y ovina. De hecho, existe un monumento importante en homenaje al “hombre ovejero”, trabajador y propulsor de la actividad de la región.
En 1948 se creó el municipio y en 1974 se designó a Coyhaique capital de la XI Región. Su centro es muy particular, ya que lo constituye una plaza pentagonal de la cual emergen diez calles centrales para luego dividirse en damero.