Hace menos de cincuenta años, el río Palena tenía tres asentamientos a lo largo de su extenso recorrido: Alto Palena, Medio Palena y Bajo Palena.
La Junta se denominaba Medio Palena y por sus características geográficas tenía una importancia especial en los movimientos de colonos de una región hacia otra con sus animales. Era punto de reunión, descanso y aprovisionamiento antes de continuar hacia los puertos habilitados en esas épocas.
El puerto de Puyuhuapi, primero, y el de Raúl Marín Balmaceda, posteriormente, recibían los arreos de ganado para despacharlos en antiguos barcos a carbón hacia otros destinos.
Muchos llegaron como troperos y se fueron quedando en la zona. Familias enteras construyeron sus “ranchitas”, construcciones humildes y precarias, aprovechando las buenas pasturas de la zona.
La Junta tiene fecha de fundación en el año 1963. En esa época se otorgaron muchas hectáreas a las familias que decidieran asentarse en la zona iniciando la cría del ganado. A falta de escuelas, el sacerdote católico Ronchi se ocupó de la instrucción básica convenciendo a los colonos de la necesidad de instruir a sus hijos sin abandonar las tareas del campo.
La concreción de la Carretera Austral fue un antes y un después en la vida del pueblo.
Cuando los límites fronterizos con la Argentina aún no estaban definidos, los habitantes de La Junta compraban en las poblaciones argentinas cercanas todo aquello que no producían. Sal, azúcar y harinas eran canjeadas por sus animales y cosechas.
Esta necesidad de ambos lados de la frontera dio lugar a que los pueblos aunaran algunas de sus tradiciones. Por ejemplo, el mate amargo, el juego de cartas llamado truco y prendas de vestir fueron adoptados por los chilenos de este pueblo. También se parecen la forma de asar la carne y algunas canciones del folclore argentino se entonaban en forma muy similar en toda la zona patagónica chilena.
El lugareño ha sido de ideas abiertas en cuanto a las mejoras en la producción. Así es como la Corporación Nacional Forestal ha desarrollado un proyecto de Conservación y Manejo Sustentable del Bosque Nativo. Eso lleva a hacer buen uso del recurso maderero sin eliminarlo.
También en el área ganadera se trabaja actualmente con una certificación de sanidad que permitirá a nivel nacional exportar carne a Europa. Ambos ejemplos hablan de un pueblo que desea prosperar sin que sus recursos se agoten.
La Junta es hoy un pueblo joven con experiencia y con ansias de progreso.