Los primeros habitantes de la región fueron tribus indígenas que practicaban la agricultura y la ganadería para su subsistencia hace unos 12.500 años. La llegada de los conquistadores españoles y la creación de ciudades y fortificaciones significó para los aborígenes el reconocimiento de nuevas leyes.
A mediados del siglo XIX, el expedicionario alemán Bernardo Phillipi hizo saber que el territorio era propicio para poblarlo con colonos traídos de Alemania. Aprobado el proyecto colonizador por el gobierno central, llegó al actual Puerto Montt el primer embarque de inmigrantes alemanes, que se asentaron posteriormente en las costas el lago Llanquihue (en mapundungun: “lugar escondido o sumergido”).
Así, a cada familia le fueron concedidos franjas de terreno de unas 150 hectáreas en forma perpendicular al lago. Gozaban de franquicias y asignaciones en dinero que les permitieron despejar los terrenos y utilizar la madera de los bosques para sus primeras construcciones para vivienda. Eran campesinos y artesanos y lograron realizarse como una sociedad económica, social y culturalmente estable.
El Desagüe, hoy conocida como la ciudad de Llanquihue, se convirtió en un caserío y se conectó con ciudades como Puerto Varas o Puerto Montt para establecer su comercio. La llegada del ferrocarril en 1913 activó la industria y la población creció y se desarrolló hasta que en 1968 se creó la actual comuna.
