La ciudad de Panguipulli fue fundada en 1946, exactamente 60 años después de que arribara el primer poblador a la zona, don Guillermo Angermaier, quien en 1903 formó parte de una misión capuchina y supo construir una magnífica iglesia de dos torres junto al padre Bernabé de Lucerna en 1947.
En Panguipulli, la costanera guarda parte de su historia mediante una escultura realizada por el artista Osvaldo Peña: el Monumento a los Forjadores y Fundadores de Panguipulli, un homenaje a los mapuches y capuchinos, habitantes originarios del lugar.
En lengua mapuche, “Panguipulli” significa “Tierra de Puma” o “Espíritu de Puma”, nombre que supieron darle aquellos moradores que dejaron descendencia en la zona. Hoy conviven en la zona indígenas, chilenos y también algunos descendientes de alemanes.
Actualmente, Panguipulli es un sitio comercial y turístico, muy elegido por chilenos y argentinos a la hora de planear las vacaciones de verano. De hecho, quienes viajan desde Argentina navegando por el lago Pirihueico inevitablemente pasan por esta atractiva ciudad.
Desde 1954 la ciudad de Panguipulli cuenta con su propio ramal de ferrocarril y en 1983 se construyó un camino que permite bordear el lago homónimo.