Con el nombre de Villa de San Isidro de Vicuña y por orden de don Bernardo O´Higgins, el 22 de febrero de 1821 se fundaba un pueblo que cincuenta años después se convirtió en la ciudad de Vicuña.
Los testimonios indican que catorce mil años atrás el valle del Elqui fue poblado por indígenas que pertenecían a una cultura precolombina; habrían ingresado desde las mesetas altas andinas. Su forma de vida, los utensilios y pinturas que han sido rescatados indicarían un alto grado cultural. Vivían de la caza de camélidos (guanacos, llamas, alpacas), recolectaban los frutos del chañar y el algarrobo y pescaban corvinas, jureles, anchovetas, etc. y dejaron importantes vestigios de sus métodos de desarrollo agrícola, sistemas de riego artificial mediante canales y cultivo en terrazas.
Ya en la era cristiana y hasta los años 1.200, pasaron a ser reconocidos como excelentes alfareros; se hallaron vasijas utilizadas en la vida diaria y en sus ritos religiosos. A su vez, y a pesar de contar con un idioma propio, su organización político-social habría sido precaria.
Con la llegada de los españoles, la región conocida como Norte Chico fue la primera en ser pacificada y colonizada. Por sus características, los valles de Copiapó, Elqui, Limarí y Choapa fueron los de mayor superficie dedicada a los viñedos, de los cuales se obtenían vinos extraordinarios. Esa actividad se realizó según una propuesta de los españoles y los indios fueron la mano de obra necesaria para su obtención.
Surge entonces la historia del destacado aguardiente producido en la zona y que era enviado en lomo de mula a otras zonas. En la ciudad de La Serena, fundada en 1514, se establecieron las condiciones de comercialización de la apreciada bebida espirituosa que aún no se llamaba pisco. Hoy, el pisco es la bebida nacional de Chile y tiene su propia ruta turística. En el valle del Elqui, las fábricas pisqueras más afamadas son visitadas por viajeros de todo el mundo.
El Tren Elquino forma parte de la historia del Valle del Elqui. Desde su creación en el año 1888, permitía a sus pasajeros realizar combinaciones con otros ramales hacia el norte del país. Un accidente en el año 1971 lo retiró de circulación. El edificio de la estación Vicuña sobrevive y da cuenta de un pasado prestigioso.
Una leyenda popular cuenta que en una orilla del río Elqui, frente a la actual ciudad de Vicuña, se hallaba la hacienda La Compañía, de los frailes de la Compañía de Jesús. Había sido fundada para divulgar la fe católica entre los campesinos. Cuando en 1767 los jesuitas fueron expulsados de la hacienda, no tuvieron tiempo para nada. Abandonaron sus viñas y la famosa bodega donde fabricaban su rico y espirituoso licor de misa. Parte de sus preciados tesoros de la iglesia, entre ellos la campana y el cáliz de oro, fueron enterrados debajo de una palmera.
Dicen que en noches de luna se divisa la figura de un fraile que desde sus aposentos pasa raudo a través del patio y se dirige a la palmera, arrastrando su hábito oscuro pero sin dejar rastros.
