Durante los primeros años de la conquista española, fue el guano (excremento de las aves marinas), que se utilizaba como fertilizante, el que motivó el asentamiento del hombre en estas costas. Años más tarde, sería la explotación minera y luego el salitre los que aportarían las condiciones necesarias para el desarrollo urbano. Pero fue un conflicto limítrofe el que no sólo cambió la nacionalidad de esta ciudad, sino también su destino político y económico.
Los registros históricos cuentan que el vecino país de Bolivia se extendía hacia el océano Pacífico desde los 24º de latitud Sur hasta la desembocadura del río Loa, kilómetros arriba de la ciudad de Tocopilla.
El 14 de febrero de 1879, las tropas chilenas comienzan a reivindicar frente a Bolivia el territorio que Chile poseía antes de la ocupación. Así, el 23 de marzo de 1879 el territorio –ocupado por Bolivia- vuelve nuevamente a manos chilenas. Pero el conflicto recién empezaba. Un pacto secreto entre Bolivia y Perú llevó a que el día 5 de abril de 1879 Chile declare la guerra a Perú. Esta disputa, que duró de 1879 a 1880, marcó la historia de los tres países hasta el día de hoy.
Iquique fue el escenario protagonista de este conflicto. La estrategia del ejército chileno era desembarcar más al norte de la ciudad que se quería recuperar (en este caso, Antofagasta). Así es que la marina chilena llegó hasta Iquique con las corbetas Esmeralda y Covadonga. Fue el 21 de mayo de 1879 cuando el acorazado Monitor Huascar (hoy, en la ciudad de Concepción) hundió la corbeta Esmeralda durante lo que se conoció como el Combate de Iquique, donde murió el héroe de la patria Arturo Pratt y parte de su tripulación.
Luego de triunfos de la marina chilena y del ejercito terrestre, esta bella ciudad fue ocupada por Chile el 24 de noviembre de 1879. Las tropas continuaron su expedición al norte y, luego de tomar posesión del Morro de Arica, lo que ocurrió el 7 de junio de 1880, la guerra llegó a su fin. La diplomacia delimitó, en los años 1929 y 1930, los límites geográficos actuales.
Hoy, Iquique pertenece a Chile y estos hechos históricos pueden recordarse con tan solo subirse a una pequeña barcaza de madera que parte desde el viejo muelle con un guía y turistas, para adentrarse en las aguas donde se encuentra una boya que marca el hito histórico del hundimiento del Esmeralda y su comandante.
